Người hâm mộ của Yu-Gi-Oh! nhượng quyền thương mại chỉ quen thuộc với nhiều bộ anime khác nhau cần xem bộ truyện tranh phụ thay đổi hoàn toàn bộ truyện. Đáng ngạc nhiên là những manga này không phải là truyện gốc, mặc dù Yu-Gi-Oh! có một manga hiện đại gần đây hơn phù hợp với mô tả đó. Thay vào đó, những bộ manga này giống với việc tái hiện lại hình ảnh của anime hơn.
Điều này có thể gây ngạc nhiên cho một số người hâm mộ vì Yu-Gi-Oh! manga rất giống với anime đầu tiên mặc dù có một số khác biệt. Tất nhiên bộ truyện được hầu hết người hâm mộ biết đến và yêu thích đã cắt bỏ những khởi đầu đen tối của manga (mặc dù phần lớn nội dung đó được làm hoạt hình trong một bộ truyện khác mà người hâm mộ gọi là “Phần 0”), nhưng bên cạnh đó, manga gần như đã được chuyển thể hoàn toàn. Anime có những phần bổ sung như cốt truyện Thế giới ảo và Đánh thức rồng, nhưng điều này không khiến bộ truyện trở thành một thứ gì đó hoàn toàn khác với manga. Điều này sẽ nhanh chóng được chứng minh là một ngoại lệ đáng ngạc nhiên thay vì một quy tắc vì anime và manga mới trong loạt phim sẽ được phát hành.
Manga phần tiếp theo của Yu-Gi-Oh! Thay đổi hoàn toàn anime của họ
Sau Yu-Gi-Oh! anime, mỗi chương trình phụ sẽ là một câu chuyện gốc thay vì dựa trên manga. Tuy nhiên, manga cho mỗi phần phụ này cũng đã được phát hành, có nhiều nhân vật giống nhau trong các bộ truyện. Tuy nhiên, bên cạnh các nhân vật và bối cảnh, anime và manga hoàn toàn khác nhau đối với mỗi bộ truyện. Manga sẽ có những lá bài mới, kẻ thù mới và cốt truyện mới cho các nhân vật, điều này sẽ thay đổi hoàn toàn câu chuyện. Đôi khi điều này thậm chí có thể biểu hiện ở một số thay đổi thực sự kỳ lạ như Yu-Gi-Oh! Manga Arc V có phong cách Back to the Future.
Những thay đổi này có thể khiến manga trở nên siêu thực đối với người hâm mộ anime mà họ dựa trên. Tuy nhiên, siêu thực không nhất thiết có nghĩa là xấu, vì những câu chuyện này gần như có thể được coi là cuộc phiêu lưu tiếp tục của các nhân vật trong anime trong một vũ trụ thay thế. Ngoài ra, việc nhìn thấy các nhân vật chơi với các lá bài khác nhau có thể giúp người hâm mộ có cái nhìn thoáng qua về sự khác biệt của các trò chơi trong anime nếu một số lá bài mang tính biểu tượng nhất trong loạt phim được điều chỉnh một chút. Điều này làm cho những bộ manga này có phần giống với What If…? của Marvel. loạt truyện tranh một cách tốt nhất.
Những manga ngoại truyện này thường ít được nhắc đến hơn nhiều so với bộ anime đã tạo ra chúng, thật đáng tiếc vì chúng rất thú vị để đọc đối với một fan của Yu-Gi-Oh! nhượng quyền thương mại nói chung. Nhìn chung, chúng có thể không tương xứng với chất lượng của Yu-Gi-Oh! gốc, nhưng rất ít bộ làm được điều đó. Như vậy Yu-Gi-Oh! những người hâm mộ chỉ xem nhiều anime khác nhau cũng cần xem qua nhiều manga khác nhau trong loạt phim này, vì họ có thể sẽ ngạc nhiên một cách thú vị với những nhân vật và thẻ bài thay thế này.