Trong khi Yugi có thể là nhân vật chính của phần đầu tiên Yu-Gi-Oh! anime, nhân vật quan trọng nhất của nó thực sự là Seto Kaiba bằng một biên độ rộng. Điều này có thể gây ngạc nhiên khi Yugi mượn tên của mình cho cả nhượng quyền thương mại và trò chơi bài dựa trên nó. Nhưng trong khi Yugi có thể là bộ mặt của bộ truyện, thì Kaiba có tác động lâu dài hơn nhiều đối với các quy tắc của trò chơi. Với mức độ lớn của trò chơi bài cho đến ngày nay, Kaiba thực sự có nhiều tác động đến nhượng quyền thương mại hơn là nhân vật chính bề ngoài của nó.
Trong mùa đầu tiên của Yu-Gi-Oh!, được gọi là Duelist Kingdom, luật chơi của trò chơi lỏng lẻo hơn nhiều. Gần như bất kỳ quái vật nào cũng có thể được triệu hồi miễn phí trên sân, ngoại trừ quái vật Dung hợp và Tế lễ. Ngoài ra, tùy thuộc vào nơi diễn ra các trận đấu tay đôi, các quái vật khác nhau sẽ được tăng sức mạnh hoặc giảm sức mạnh vốn có. Điều này phù hợp với cơ chế trò chơi thường linh hoạt hơn, với các thẻ có thể tương tác theo những cách bên ngoài hiệu ứng tiêu chuẩn của chúng. Chẳng hạn, trong một trò chơi, Yugi không thể đánh bại một chiến lược dưới nước cho đến khi anh ta sử dụng quái vật của mình để tấn công mặt trăng, hạ thấp thủy triều và làm suy yếu thủy quái của đối thủ. Những trò chơi này rất thú vị để xem, nhưng không thể chuyển thành trò chơi ngoài đời thực. Kaiba đã thay đổi điều đó mãi mãi.
Kaiba đã định hình cách chơi trò chơi Yu-Gi-Oh!
Trong mùa thứ hai của Yu-Gi-Oh!, Kaiba tổ chức một cuộc thi lớn được gọi là Giải đấu Thành phố Chiến đấu, trong đó anh ta đặt ra một bộ quy tắc mới cho trò chơi. Các quy tắc này bao gồm nhiều nguyên tắc dành riêng cho giải đấu, chẳng hạn như người chơi phải đặt cược lá bài hiếm nhất của họ khi đấu tay đôi. Nhưng quan trọng hơn, nó cũng bao gồm nhiều quy tắc giúp trò chơi trở nên cân bằng hơn trong tương lai, chẳng hạn như buộc người chơi phải cống nạp để triệu hồi những quái vật mạnh mẽ và tăng tổng điểm sinh mệnh lên 4000 thay vì 2000. Với những quy tắc mới này được giới thiệu, hình thức tự do hơn các trò chơi của Duelist Kingdom đã trở thành dĩ vãng, nhường chỗ cho hình thức trò chơi tồn tại trong suốt phần lớn lịch sử của nhượng quyền thương mại.
Sau này Yu-Gi-Oh! loạt phim sẽ thêm những điểm mới lạ của riêng họ vào trò chơi, chẳng hạn như cơ chế triệu hồi mới và các loại quái vật. Nhưng những quy tắc mới này vẫn giữ nguyên cơ sở chung của hệ thống quy tắc Battle City của Kaiba. Với hệ thống quy tắc được hệ thống hóa hơn này, các trò chơi trở nên thiên về tương tác của các quân bài dựa trên tác dụng thực tế của quân bài hơn là chủ đề chung của chúng. Một số phần điên rồ nhất trong các trận đấu của Vương quốc Duelist thậm chí còn được điều chỉnh để phù hợp với hệ thống quy tắc của Kaiba, với các buff địa hình được biến thành phép thuật Field và Attack the Moon trở thành thẻ bài của chính nó.
Không có Kaiba, lối chơi của Yu-Gi-Oh! nhượng quyền thương mại được biết đến vì sẽ không bao giờ ra đời. Trong loạt phim sau này, người ta ngụ ý rằng Kaiba cũng là một lực lượng chính đằng sau việc làm cho trò chơi Duel Monsters trở nên phổ biến ở mọi nơi trong xã hội của Yu-Gi-Oh!. Tất cả điều này làm cho Kaibatác động của Yu-Gi-Oh! nhượng quyền thương mại lớn hơn nhiều so với Yugi‘s và khiến anh ấy trở thành nhân vật quan trọng nhất trong truyện.